16年前，人马座黄金圣徒伊奥洛斯和真正女神的化身雅典娜一起逃离了避难所，并被双子座扎克和摩羯座修拉的狙击手严重击伤。在命运的趋势下，濒临死亡的艾欧罗斯将女神托付给了刚来探索喜马拉雅山的日本正人基金会主席城户光政。知道了原因和结果，郑光把女神带回日本，给她取名为莎芝，并以孙女的名义抚养她。受命运和女神的启发，刻苦训练的年轻人如圣斗士星矢(由石川凯拓配音)、紫龙(由赤羽根健治配音)、冰河(由小野贤章配音)和即时(由冈本信彦配音)相继回到日本。现在他们已经成长为唯一的圣人。与此同时，教皇下令的刺客从圣地一个接一个地来到日本，一场可以载入史册的善恶战争开始了...